Zotero — программа для сбора, систематизации и хранения коллекции информации. Позволяет организовать собственную библиотеку данных — хранить цитаты, ссылки, документы, файлы, изображения, книги и так далее.
Органайзеры и заметки
Органайзеры под Linux (Personal Information Managers). Календари. Программы для учета времени. Тайм-менеджмент в Linux. Программы для ведения заметок. См. также программы для тайм-менеджмента.
Zotero
Xournal++
Xournal++ — программа для создания и хранения рукописных заметок, создания эскизов, аннотирования PDF файлов.
Rnote
Rnote — программа для создания рукописных заметок, эскизов, аннотаций к документам и изображениям. Поддерживает импорт и экспорт файлов PDF, изображений, бесконечный холст.
GenealogyJ
GenealogyJ — программа для просмотра и создания генеалогических деревьев.
Tellico
Tellico — приложения для организации самых разных коллекций (книг, фильмов, музыки, монет, марок и так далее.
QOwnNotes
QOwnNotes - программа для ведения текстовых заметок. Заметки хранятся в простых текстовых файлах. Поддерживается синхронизация.
BasKet Note Pads
BasKet Note Pads — программа для ведения заметок различного типа — списки, картинки, чек-листы, ссылки, таблицы, колонки.
Joplin
Joplin — приложение для ведения заметок. Поддерживает распределение заметок по блокнотам, тегирование. Имеет версии под iOS и Android.
Zim
Zim — бесплатная программа, предназначенная для ведения коллекции заметок в wiki стиле.
Simplenote
Simplenote — бесплатная программа для текстовых заметок. Имеет клиенты под iOS, Android и веб-интерфейс через браузер.
Boostnote
Boostnote — программа для ведения заметок, предназначенная прежде всего для программистов, но может быть полезна и любым другим продвинутым пользователям.
Xournal
Xournal — программа-блокнот для ведения многостраничных заметок (блокнотов). Поддерживает форматирование текста, рисование, рукописный ввод. Позволяет открывать PDF файлы и делать в них пометки.